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康熙十五年二月，平南王尚可喜之子尚之信叛于广州。
四月，郡王勒尔锦同吴三桂军在太平街一战又败，退守荆州，具疏请罪。玄烨虽然斥其守土三年，未获寸功，却仍旧希望他立功自赎。
七月，耿精忠部中都尉徐光武看到郑经军威日盛，耿军人心惶惶，于是，他秘密派人携书，驰赴衢州守将马九玉，令速请清军入闽。逾月，马九玉遣心腹向奉命大将军、康亲王杰书纳款。十六日，马九玉率军绕道常山、玉山，由河口分水关进入福建。杰书命宁海将军喇哈达、都统赖塔等将士尾随其后。二十日，清军进入福建关隘仙霞关，耿部守将献城迎降。二十一日，清军收复浦城。
八月，清军进入了福建关隘仙霞关，连克浦城、建阳、建宁等府县。郑经也在夺得漳、泉、汀府府后，复取兴化，兵锋直指耿精忠所据省城福州。是时，耿部守潮州、海澄等地官兵纷纷降郑，而白显忠一部在江西又被清军大败，连失建昌、饶州、广信等府县，曾养性部则在浙江被清军所阻。福州势危。
九月，赖塔等部清军克建阳、建宁等府城。同月，杰书统兵至延平，耿部守将耿继美等开城降清。同时，耿精忠遣子献印请降。
奉命大将军、康亲王杰书以军帖形式劝耿精忠归降，其书称：“郑经与尔有仇，尔当助大兵进剿立功，何久事仇人为叛逆？”许以为他保题，仍为王爵，镇守福建。耿精忠知势不可为，乃生降意。同月十九日，耿精忠剃发易服，遣子耿显祚等向杰书献印请降，兼迎清军入城。逾月，杰书率师至福州，耿精忠领文武官员出城迎降，献上所属官兵印册。清军入城安民，传檄所属郡县。耿精忠向杰书请求立功赎罪。玄烨命耿精忠保留靖南王爵，统所部征讨郑经以自赎。耿部兵丁照额留用，余者另行安排。复命其弟耿昭忠为镇平将军，驻福州，统辖靖南王藩下留守官兵、家口。
十月，杰书率师至福州，耿精忠出城迎接，清军入城安民，传檄各府县。复连取郑经所据兴化、泉州、漳州等府。
次年二月，除郑经尚据厦门外，清军收复了福建全省。
次年三月，耿精忠会同其他清军，率部攻潮州，郑部刘进忠降。
八月，玄烨命耿精忠仍驻潮州。十八年十月，因福州满洲兵即将撤离，玄烨虑耿精忠又生他变，谕杰书促其来京陛见。二十一年正月，玄烨待耿精忠旗下人员全部由福建撤至京城后，传旨：革去耿精忠王爵，即凌迟处死，其子耿显祚革职处斩，党羽白显忠、曾养性、刘进忠等八人凌迟处死，黄国瑞等十五人处斩，耿精忠、刘进忠首级悬挂示众。
康熙十五年九月，耿精忠降清，尚之信势益孤。耿仍留靖南王爵，证实了玄烨曾有所言，“如输诚悔罪，仍许自新。”
十二月，尚之信命人携密疏来到扬威大将军、简亲王喇布军前，请予准降。喇布立即代奏。
九月，玄烨谕尚之信，将其已往之罪并其属下官兵全部赦免，准立功自赎。十六年五月，尚之信率广东省城文武官兵民等剃发归降，并派其弟尚之瑛往韶州，迎接镇南将军莽依图所统清军。六月初三日，玄烨命尚之信袭其父尚可喜平南亲王爵，出兵往征湖南。然而，自此之后，尚之信以各种借口，拒绝出兵，驻兵不离省城。
十七年正月，清军接连败与吴三桂军，广西危机。玄烨即命尚之信火速进兵广西。尚之信则已沿海有警，兵力有限，难以分兵回奏。复以高、雷、廉三州府初定，人心不稳，仍请留驻广州。十八年七月，尚之信疏称所患痢疾加重，擅自将横州等地前线兵撤至广州。其间，永兴危机，他坐视不救；从征之师，又密嘱勿进。尚之信本性残暴，酗酒伤人，视为常事。对藩下投清官员，他非辱即杀，引起极大民愤。十九年三月，尚之信偶赴广西武宣。护卫张永祥等赶至京城，首告尚之信诸多罪状。玄烨即命刑部侍郎宜昌阿、郎中宋俄托等以巡视海疆为名赴广东查实，如罪证确凿，可令都统王国栋将他逮捕。五月二日，宜昌阿与王国栋传檄正在武昌的总督金光祖。金随即兵围武昌，逮捕尚之信并将其押回广州处死。两广局势渐趋稳定。
战事连续两年间纷杂反复，玄烨无暇顾及后宫，康熙十五年十六年间，只在康熙十五年六月，诊出庶妃章佳氏有孕，章佳氏又与康熙十六年二月，生下十一阿哥胤祉。
康熙十六年正月，玄烨调陕西和河南兵，进取汉中兵增补荆州，令勒尔锦乘机渡江，收复湖南，不准延误战机。
二月，叛军官兵相继投诚。三月，朝廷下旨抚恤殉难官员及家属。
七月二十九日，玄烨召大学士噶布喇、李蔚等大臣，论及朋党之害，谕示：人臣服官，惟当一意奉公。如若分立门户，私植党羽，始则蠹国害政，终必祸及身家。历观前代，莫不皆然。他明确指出：那些暗结党羽者，形迹诡密，然其背公营私，人必知之。因为他们凡论人议事之间，必以异同为是非，爱憎为毁誉，公论难容，国法莫逭。百尔臣工，理宜痛戒！若夫汲引善类，不矜己长，同寅协恭，共襄国家。诚如宋代欧阳修所云，君子同道为朋者，是又不可以朋党论之。
前朝如此繁忙，后宫也并未闲着，玄烨于百忙之中制定了后宫嫔妃的等级，完善了自顺治朝以来后宫嫔妃制度的不完整，而后，就下了一道册封后宫诸人的明旨，之后的册封大典就全权交由皇后操办了。
谕旨册封博尔济吉特氏为兰贵妃，册庶妃张氏为荣嫔，册庶妃董氏为端嫔，册庶妃纳喇氏为惠嫔，册庶妃赫舍里氏为僖嫔，册庶妃李氏为安嫔，册庶妃郭络罗氏为宜嫔，册庶妃章佳氏为敬嫔。
这道大封后宫的旨意，将后宫中所有有生育的后妃皆封了主位，除却身份尊贵的兰贵妃之外，皆是嫔位，这些人俱可有资格亲自抚养自己的儿女，其实抚养也并非能一直养在身边，而是在阿哥格格们满六岁之前，嫔位以上的后妃皆可自行前往兆祥所或南三所探望，满六岁后，阿哥和格格们都要读书习字，便不能自行探望了，而是必须等阿哥格格们下学后去各宫中请安时才可相见。
并且，嫔位以上后妃生下阿哥或格格后，皆可在身边养至两岁，方才送入兆祥所或南三所去居住。
这些规矩都是珠锦告诉玄烨后，玄烨斟酌可行，就在谕旨中加了，但是这些话都是以珠锦的名义说的，如此一来，珠锦为后妃争取了这样贴心的事情，后妃诸人自然都是感念珠锦的，就只这一条，珠锦在后宫是越发的得人心了。
这道大封后宫的旨意之中，唯有一人是破例晋封的。
这便是僖嫔赫舍里氏，她做庶妃时，不得玄烨的宠爱，也不曾替玄烨生育子女，本该是不能晋封的，可她又是侍奉玄烨的老人儿了，珠锦到底还是可怜她在宫中日子孤寂，想着她个性老实，又怕新进的嫔妃会欺负她，念着当年是一起走过来的情谊，还是跟玄烨进言了，玄烨也是可怜她，最终到底给了她一个跟上上辈子一样的嫔位。
这日，已成了贵妃的乌兰其其格又与珠锦来闲聊，说起玄烨最近宠幸一个宫女的事儿来，直呼玄烨不像话。
“这后宫的嫔妃难道还不够多么？居然去宠幸一个端茶递水的宫女，皇上这是怎么了？”
乌兰其其格除了身怀有孕之时不能操劳外，一直都在帮珠锦协理后宫庶务的，在珠锦怀孕和生产之时，也是独自代领过后宫之事的，是以她久居上位，除了那几分泼辣之气外，越发添了几分上位者的贵气，在珠锦跟前，她是丝毫不掩饰自己对一个宫女能上位的鄙夷和厌恶的，“她是康熙十二年入的宫，还不是自选秀选进来的，是从内务府的宫女小选选进来的！这乌雅氏是正黄旗出身，内务府包衣，其祖父也不过是膳房的总管罢了，姐姐，你说这样的人，身份如此微贱，怎么配伺候皇上呢？”
“皇上喜欢，咱们又能说什么？”
对乌兰其其格口中的乌雅氏，珠锦是一点儿也不陌生的，她只微微笑道，“你说的乌雅氏我也知道，是皇上新近才宠幸上的，本来是乾清宫奉茶宫女，做的是细活，又是在御前伺候的，做的全是眼见的事儿，能被皇上看上，也是她的机缘，只不知这乌雅氏长得如何？若是貌美，那也就不能解释皇上为什么这般喜欢她了。”
珠锦如今已有二十五岁了，她心里明白得很，将来还会有更多的十几岁的鲜嫩小姑娘像乌雅氏这样得玄烨所青睐的。
“貌美什么啊！姐姐没瞧过不知道，那乌雅氏的模样平淡无奇，也就比僖嫔好看一点儿，实在是谈不上什么倾国倾城，连美人儿都算不上！真不知皇上喜欢她什么！”
乌兰其其格冷哼一声，道，“听说啊，昨天皇上已吩咐了，叫乌雅氏在常在居处住下，她还没有册封呢，不过是个庶妃罢了，连个答应都不是，正经连个小主都没争上，就能住在常在堆里头，真是得圣宠了！若是她有孕了，皇上还不知要怎么样呢！”
乌兰其其格望着珠锦道，“姐姐，你就不能劝劝皇上吗？这么多年了，我还从没见过皇上这样呢！”